成人男性的感染部位在尿道粘膜，女性感染部位在宫颈。新生儿主要引起结膜炎和肺炎。
非淋潜伏期：1-4周。在女性是1～3周。
临床有尿道炎的表现，而尿道分泌物涂片及培养淋球菌均阴性。
男性
非淋菌性尿道炎症状比淋病轻，起病不如淋病急，症状拖延，时轻时重。尿道有刺痒感或灼热感，偶有刺痛感，尿道口有分泌物，但较淋病的分泌物稀薄，为清稀状水样粘液性或淡黄色粘膜脓性，分泌物量也较淋病少。在长时间未排尿或晨起首次排尿前才逸出少量分泌物，有时仅表现为晨起痂膜封住尿道口（呈粘糊状，称糊口。痂膜易被尿流冲掉。）或裤裆污染，有分泌物附着。检查时，有的需由后向前按挤前尿道才可能有少许分泌物由尿道口溢出。有时病人有症状无分泌物，也可无症状而有分泌物。有时病人无任何自觉症状。初诊时很易被漏诊。
女性非淋菌性尿道炎的特点是症状不明显或无任何症状。当被感染引起尿道炎时，约有50％有尿频、尿道灼热感或排尿困难，尿道口可发现有少许浆液样或粘液脓性分泌物，但一般无尿痛或仅有轻微尿痛的症状。有时宫颈也有炎症或糜烂，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞(高倍镜下每视野超过10个)。检查时发现，宫颈水肿、糜烂，白带增多，所以经常造成外阴或阴道瘙痒。前庭大腺患病的女病人，前庭大腺肿大，局部红肿，也可能形成脓肿，需要切开引流。合并有输卵管炎、子宫内膜炎、盆腔炎的病人，会出现相应的症状。
在诊断非淋菌性尿道炎时，常常需要与淋菌性尿道炎、前列腺炎鉴别。前者在淋病中已有论述。非淋菌性尿道炎的特点是症状较淋病为轻，潜伏期较淋病为长，分泌物较淋病为清稀。而慢性前列腺炎也常常伴有尿道的不适和尿道口出现分泌物，但慢性前列腺炎主要是会阴不适，排尿不畅，尿道口分泌物为前列腺液。
本病可有症状或无症状，亚临床感染可持续存在多年。无论有症状还是无症状，其后果同样严重：除尿道炎、眼结膜炎外，可引起其他生殖器官炎症，如附睾炎、前列腺炎、输卵管炎宫颈炎、阴道炎、输卵管炎及盆腔炎等，后导致不育症和异位妊娠，也可感染婴儿引起结膜炎和肺炎。男性同性恋者，可患直肠炎及咽炎。
常与淋病同时感染。前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体、支原体依然存在。在感染1-3周后发病。临床上很易被误认为淋病未治疗或复发。处理不当或治疗不及时可引起并发症(1%)。如急性附睾炎、前列腺炎、结肠炎、咽炎。女性宫颈炎、宫颈糜烂、前庭大腺炎、阴道炎、输卵管炎、盆腔炎、异位妊娠等。宫颈炎是常见的合并症。合并宫颈炎者，近一半病人无症状。有症状者主要体征为宫颈管白带多，呈粘液脓性分泌物，充血和水肿也常发生。而宫颈炎不经治疗，30%～40％将上行发展成为子宫内膜炎，8%～10％发展成为输卵管炎，可导致慢性腹痛、盆腔炎、不育、宫外孕等。
新生儿通过感染的产道、生后3-13天可发生眼结膜炎，眼部有粘液脓性分泌物，也可无分泌物。但多不侵犯角膜。下生后2-3周可发生肺炎。症状不断加重，呼吸急促为其特点，但不发热。其中半数患儿有眼结膜炎。极少数病人可伴发Reifer综合征：尿道炎、关节炎、角膜炎、结合膜炎及皮疹。
